Niektóre potrafią oddychać tlenowo i beztlenowo, ale są malutkie >;)
Protisty oddychają całą powierzchnią swojego ciała. Mogą żyć zarówno w środowiskach tlenowych, jak i beztlenowych (w niszach bogatych w substancje organiczne). Niektóre mogą zmieniać sposób oddychania z beztlenowego na tlenowy.