
Z czasem przeciwko Husowi zwrócił się arcybiskup Zajíc. W 1411 roku został ekskomunikowany. Następnie został zaproszony na sobór do Konstancji. Hus liczył, że przedstawiając swe argumenty przed biskupami przekona ich do swych racji. Nikt jednak nie zamierzał z nim polemizować. Ostatecznie został skazany na śmierć w płomieniach. Nie pozwolono skorzystać mu z adwokata. Przeciwko wyrokowi opowiedziała się polska delegacja (poza Mikołajem Trąbą).
6 lipca 1415 roku spalono Husa na stosie. Umierając w płomieniach śpiewał Kirie eleison (łac. Panie, zmiłuj się). Ksiądz Poggius Florentini będący świadkiem egzekucji relacjonuje, iż przed śmiercią miał powiedzieć:
„Dzisiaj pieczecie chudą gęś, ale za sto lat od teraz usłyszycie śpiew łabędzia, którego pozostawicie nieupieczonego i żadna pułapka ani sieć nie złapie go dla was”. „Hus” w języku czeskim oznacza gęś. Wielu ludzi w łabędziu dopatruje się Marcina Lutra.